10. GO解析

2021.06.10 初稿

モデル生物のタンパク質配列もしくは遺伝子配列をreferenceにして、自分のアセンブルデータをblastpもくしはblastnしてモデル生物の持つ遺伝子配列で最も近いものの遺伝子ID（私の場合はArabidopsisの遺伝子ID）を取得する。（自分のアセンブルデータをTransDecoderで翻訳したprotein.faを用いて、モデル生物のprotein.faと共にOrthoFinder2に投げ込んでオーソログを探すという方が系統関係を反映していて良いかもしれない。要検討。）
TAIRのGO term enrichmentページにおいて、得られたDEGの中で遺伝子IDの付与されたものを全て貼り付け、submitをクリック。同じことはPANTHERのページにおいてもできる。得られた遺伝子IDを窓に貼り付け、speciesのタブでArabidopsis thalianaを選択、submitをクリック。Enrichment解析もなされ、有意にエンリッチされたものを昇順に並べられる。