Kanako Bessho-Uehara, PhD

遺伝研スパコンで行うRNA-seq解析
 

目次​

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0. CUIで解析をする際に重要なこと（＋参考にしたページ）

1. 解析環境の構築、シークエンスデータのダウンロード

2. シークエンスデータのQC・トリミング

3-1. TRINITYを用いたde novoアセンブル

3-2. HISAT2を用いたマッピング

4. リード数カウント

5. リードカウントのマトリクスを作成する

6. リードカウントのクオリティチェック（PCA, clustering）

7. フィルタリング

8. blastとアノテーション

9. DE(発現量比較)解析

10. GO解析