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Bessho-Uehara Home
Kanako Bessho-Uehara,
PhD
PhD of Agriculture
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About Me
Research Memo
Useful website/tools
RNA-seq analysis
0. CUIで解析をする際に重要なこと
1. 解析環境の構築、フローの把握
2. シークエンスデータのQC・トリミング
3-1. TRINITYを用いたde novoアセンブル
3-2. HISAT2を用いたマッピング
4. リード数カウント
5. リードカウントのマトリクスを作成する
6. リードカウントのクオリティチェック（PCA, clustering）
7. フィルタリング
8. 翻訳とblastとアノテーション
9. DEG (発現変動遺伝子) 解析
10. GO解析
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